Riešenie úlohy > Proteomika
Centrum proteomiky BITCET sa vybudovalo a sústredilo hlavne vo Virologickom ústave SAV v Bratislave. Kľúčovým prístrojom centra je zariadenie Q-tof Premier (Waters), ktoré je on-line spojené s chromatografickou jednotkou nanoAcquity UPLC (Waters). Ročne sa na tomto zariadení uskutoční niekoľko stoviek hmotnostno-spektrometrických (MS) analýz. Získané hmotnostné údaje sú následne spracovávané pomocou prehľadávania databáz za pomoci ProteinLynx Global Serveru v. 2.3 a 2.4 s cieľom identifikovať prítomné proteíny.
Analýzy sa uskutočňovali hlavne pre pracovníkov Virologického ústavu, Chemického ústavu, Ústavu molekulárnej biológie, Ústavu experimentálnej farmakológie, Ústavu genetiky a biotechnológií rastlín, Prírodovedeckej fakulty UK, Fakulty chemickej a potravinárskej technológie STU, Národného onkologického ústavu SR a pre súkromnú spoločnosť Synkola s.r.o. V rámci aktívnej spolupráce sme získali vzorky aj zo zahraničia, konkrétne z UNL Centro de Tecnologia Quimica e Biologica z Portugalska, z National Institute of Crop Science, University of Tsukuba, Japonsko a dokonca z University of Missouri, USA. Pracovníci zodpovední za chod subcentra pravidelne uskutočňovali užívateľský servis zariadení a riešili servisné problémy na vyhodnocovacích, elektroforetických a chromatografických systémoch svojpomocne. Výsledkom ich zodpovednej činnosti je kontinuálny chod zverených zariadení. Zároveň poskytujú zdarma konzultačnú činnosť o možnostiach LCMS analýz potenciálnym klientom a prípadne aj inštruktáž a pracovné postupy na prípravu materiálu pre hmotnostno-spektrometrickú analýzu.
Keďže životnosť jednotlivých súčastí zariadenia nie je neobmedzená a stanoviť reálne ceny analýz, ktoré sa pohybujú vo výške 500 eur/analýzu, nie je možné kvôli zachovaniu ich dostupnosti pre riešiteľov projektov VEGA, je veľmi problematické získať dostatočné množstvo finančných prostriedkov na zabezpečenie chodu zverených zariadení bez ďalšej podpory štátu.