Riešenie úlohy > Bunkové inžinierstvo
Kľúčovým prístrojom v centre bunkového inžinierstva je prístroj BiAcore 3000. Je to unikátny vysokocitlivý systém pre analýzu biomolekulových interakcií pri štúdiu signálnych dráh, vnútrobunkových mechanizmov, fyziologických i patologických procesov využitím javu rezonancie povrchového plazmónu (Surface Plasmon Resonance, SPR). Umožňuje kvantifikáciu interakcií nízkomolekulových látok, makromolekúl, vírusov a aj intaktných buniek, je vybavený možnosťou vychytávania interakčných partnerov z komplexných zmesí a ich izolácie. Z nameraných dát je možné odvodiť mechanizmus interakcie biologicky významných molekúl. Počas práce s prístrojom sme vyvinuli celý rad metód umožňujúcich sledovanie interakcií dôležitých pre pochopenie biologických procesov, diagnostiku ochorení a klinické aplikácie, najmä pre potreby neuroštruktúrnej proteomiky. Zavedenie týchto postupov umožnilo kvalitatívny posun v skúmaní základných mechanizmov neurodegenračných procesov, čo sa odzrkadlilo v dosiahnutí prioritných výsledkov v oblasti skúmania neurodegeneračných ochorení. Kvalitné zvládnutie metodologických problémov umožnilo rozvinúť spoluprácu aj s inými subjektmi Slovenskej akadémie vied a vysokými školami.
Neuroelektrofyziologické laboratórium. Hlavnou súčasťou centra elektrofyziológie je mikroskop Axioskop 2 FS plus (s ortuťovou lampou HBO 100 a halogénovou lampou HLA100) s príslušným softvérom Axiovision Rel. 4.6 Umožňuje presnú identifikáciu buniek pomocou imerzných objektívov a sledovanie priebehu Patch Clamp experimentu. Využíva sa pri elektrofyziologických experimentoch (v našom prípade Patch Clamp experimentoch na bunkových a tkanivových kultúrach), fluoresenčnej mikroskopii, calcium imaging experimentoch a pri bežnej mikroskopii. Súčasťou mikroskopu je posuvný stôl s ovládačom a nainštalovaným regulátorom tepla. Stôl zabezpečí ľahký a presný pohyb objektívom a posuvným stolom, umožňuje identifikáciu predmetu skúmania bez toho, aby sme sa dotkli celej aparatúry, čo nám zníži pravdepodobnosť poškodenia skúmaných objektov (spôsobeného napríklad rezonanciou ruky).
Perfúzny systém ALA-VM8 s ovládačom umožňuje ľahkú a presnú aplikáciu rôznych typov roztokov priamo do nádoby so skúmanými bunkami. Aparatúra funguje na základe gravitácie, nainštalovaný ovládač nám umožní presnú aplikáciu roztokov bez toho, aby sme sa dotkli perfúzneho nadstavca. Je využiteľný hlavne pri elektrofyziologických experimentoch spojených s farmakologickými štúdiami iónových kanálov umožňuje aplikáciu rôznych látok cez perfúzny systém priamo do roztoku s bunkami.
HEKA EPC 10 zosilňovač so stojanom na elektródu a ovládačom a s príslušným softvérom: HEKA Patchmaster, HEKA Fitmaster. Je srdcom elektrofyziologických experimentov. Umožňuje roztrhnutie bunkovej membrány a meranie rôznych elektrofyziologických parametrov. Protokoly potrebné na meranie elektrofyziologických vlastností sa aplikujú cez zosilňovač, parametre a ich jednotlivé zmeny sa zaznamenávajú cez elektródu a softvér HEKA Patchmaster, ktoré sa následne vyhodnocujú cez HEKA Fitmaster softvér. Využíva sa pri elektrofyziologických experimentoch (Patch Clamp) umožňuje meranie jednotlivých parametrov a odpovedí neurónov (a iných excitabilných buniek, napríklad svalových, kardiomyocytov): akčný potenciál, sériu akčných potenciálov, pokojový potenciál, spontánnu aktivitu, jednotlivé iónové prúdy cez napäťovo- a ligand-závislé iónové kanály.
P97 puller zabezpečuje výrobu borosilikátových pipiet, ktoré sa nasadia na elektródu. Pipety sú naplnené pipetovým roztokom, a po roztrhnutí bunkovej membrány nám umožnia premývanie vnútorného obsahu bunky s obsahom pipety, čo môže obsahovať rôzne farbičky, indikátory vnútrobunkových iónov. Jeho využitelnosť je taktiež pri elektrofyziologických experimentoch umožní tesné spojenie bunkovej membrány s pipetou a tým pádom aj s elektródou a zosilňovačom, následne podľa zloženia pipetového roztoku ovplyvňuje priebeh a predmet experimentov, taktiež pri fluoresenčných a calcium imaging experimentoch, pretože v pipetovom roztoku môžeme aplikovať indikátory iónov a fluoresenčné farbičky.
Prínosom širokej škály predmetov a pomôcok je ľahká identifikácia buniek vhodných na elektrofyziologické experimenty (Patch Clamp), zabezpečenie samotného elektrofyziologického štúdia, ktoré môže byť kombinované s rôznymi metodikami ako fluorescencia, fluorescenčné farbenie a calcium imaging experimenty. Mikroskop a počítačová zostava spolu s príslušným softvérom nám zabezpečí presné sledovanie celého výskumu, aplikáciu jednotlivých protokolov a vyhodnotenie potrebných dát. Puller je schopný rýchlo produkovať mikropipety s potrebným odporom špičky (aby sme roztrhli membránu), a po roztrhnutí bunkovej membrány HEKA EPC10 zosilňovač nám zabezpečí napäťové protokoly potrebné na meranie elektrofyziologických parametrov. Cez perfúzny systém sme schopní aplikovať rôznu škálu látok (liečivá, aktivátory a inaktivátory jednotlivých transportných systémov v membráne bunky), naraz až 8, kým ovládače nám zabezpečia rýchlu a presnú manipuláciu počas experimentu bez toho, aby sme ovplyvnili experimenty prirodzenými kmitmi nášho tela. Na elimináciu vibrácií a elektromagnetických šumov nám slúži aj antivibračný stôl a Faradayova klietka.
Patch Clamp metóda a použité aparatúry sú úzko spojené so zahájením experimentov tohto typu a využívajú sa na charakterizáciu elektrofyziologických vlastností nervových buniek, na pozorovanie zmien týchto parametrov aplikáciou rôznych látok, na zistenie rozdielov medzi rôznymi skupinami zvierat, a to na úrovni buniek, tkanív a tkanivových kultúr. Ďalej nám umožňujú elegantnú kombináciu elektrofyziologických metód s farbiacimi metódami (fluoresenčné farbenie a calcium imaging), vďaka čomu sme schopní sledovať nielen elektrofyziologické parametre na bunkovej membráne, ale aj vnútrobunkové zmeny odohrávajúce sa vo vnútornom prostredí neurónov (priebeh signalizačných dráh, zmena koncentrácie vápnika v cytoplazme).
Ultraúčinna kvapalinová chromatografia kombinovaná s hmotnostnou spektrometriou (UPLC/MS). Systém pozostáva z organizátora vzoriek (ACQUITY UPLCR Sample Manager), kolónového termostatu (Column Heater/Cooler), binárneho čerpadla (Binary Solvent Manager ) a UV detektora (ACQUITY UPLC TUV Detector). Umožňuje separáciu zmesí látok na základe ich afinity ku stacionárnej alebo mobilnej fáze. Hlavnou výhodou ultraúčinnej chromatografie v porovnaní s klasickou HPLC je rýchlosť separácie pri zachovaní separačnej účinnosti a z toho vyplývajúci kratší čas potrebný na analýzu súborov vzoriek. Jeho využitelnosť je hlavne pri separácii jednotlivých zložiek biologických zmesí a pri kvantifikácií neurotransmiterov, biologicky aktívnych peptidov a metabolitov.
Quattro Premier XE (hmotnostný spectrometer, trojitý kvadrupól). Umožňuje presnú kvantifikáciu jednotlivých malých molekúl a metabolitov pomocou kvantifikácie charakteristických štiepnych produktov prekurzorových iónov. Využíva sa na meranie hmotnostných spektier malých molekúl, metabolitov a biologicky aktivných peptidov priamym nástrekom. Hmotnostný detektor pre ultraúčinnú kvapalinovú chromatografiu. Identifikácia neznámych látok na základe porovnania ich hmotnostných spektier s databázami. Všetky uvedené prístroje sa využívajú pri štúdiu Alzheimerovej choroby, ktorá je najčastejššou formou demencie v starobe. Odhaduje sa, že tvorí 80 až 90% všetkých demencií. V súčastnosti nexistuje liek schopný modifikovať prirodzený priebeh Alzheimerovej choroby. S potrebou vývoja nových liečív úzko súvisí aj potreba včasnej diagnostiky ochorenia a monitorovania priebehu terapie. To je možné uskutočniť napríklad pomocou vhodných biomarkerov získaných detailnými metabolomickými štúdiami telesných tekutín zvieracích modelov ochorenia - neurometabolomika. Ultraúčinná kvapalinová chromatografia v kombinácii s hmotnostnou spektrometriou (UPLC/MS/MS) nám umožňuje uskutočniť cielenú metabolickú analýzu (target metabolic analysis) hlavných excitačných a inhibičných neurotransmiterov a iných metabolitov v telesných tekutinách (CSF, plazma, moč) experimentálnych zvierat. Ďalej nám táto technika umožňuje vytvoriť metabolický profil (metabolic footprinting) týchto tekutín a jeho porovnanie medzi rôznymi skupinami zvierat.
Prístroje pre behaviorálnu analýzu zvierat. Významné zastúpenie pri štúdiu ľudských neurodegenatívnych ochorení zohrávajú zvieracie modely. Preto sa venuje aj značná pozornosť prístrojom a zariadeniam, ktoré slúžia na sledovanie správania zvierat za modelových situácií. V rámci programu BITCET sa zaobstaralo viacero takýchto prístrojov.
Systém na uskutočňovanie kognitívnych testov "Passive avoidance" a "Active avoidance" umožňuje identifikovať poškodenie pamäti a učenia u potkana. Využíva prirodzenú tendenciu potkana preferovať tmavý priestor pred svetlým a testuje schopnosť potkana spojiť si negatívny stimul (slabý elektrický šok) s inštinktívne vyhľadávaným prostredím, zapamätať si ho a v testovacej fáze sa mu (aktívne či pasívne) vyhnúť. Testy "Passive" a "Active avoidance" nie sú náročné na fyzický výkon (ako napríklad Morrisovo vodné bludisko), takže sa môžu úspešne využiť aj u zvierat so zhoršenými motorickými schopnosťami. Systém prispieva k charakterizácii kognitívnych schopností a k potvrdeniu či vylúčeniu kognitívneho deficitu u potkaních modelov neurodegenerácie.
Ďalším prístrojom je Grip Strength Meter - merač svalovej sily, ktorý umožňuje merať svalovú silu predných končatín potkana prostredníctvom tzv. "Grip strength testu", nezávisle na telesnej hmotnosti, postihnutí senzorimotorickej koordinácie, motivácii či anxiete potkana. Test možno viacnásobne opakovať, pričom na merané hodnoty nemá vplyv postupná strata motivácie potkana, ktorá môže nastať pri opakovaní iných testov svalovej sily (napr. "Prehensile traction test"). V rámci série motorických testov sa Grip strength využíva na časovú a kvantitatívnu charakterizáciu postupného zhoršovania motorických schopností potkanov, v našom prípade transgénneho potkanieho modelu neurodegenerácie spôsobenej tau proteínom.
Prístroj Elevated Plus Maze - vyvýšené bludisko v tvare plus je vyvýšené bludisko v tvare plus so špecifickým testom anxiety (emocionalita, miera úzkosti) a exploračnej aktivity (inštinktívny prieskum nového prostredia) u laboratórnych hlodavcov. Tieto vlastnosti determinujú správanie zvierat počas iných behaviorálnych testov, alebo môžu byť ukazovateľmi patologických zmien v mozgu. Test vyvýšeného bludiska v tvare plus je dôležitou súčasťou všeobecnej behaviorálnej charakterizácie nových potkaních modelov neurodegeneračných ochorení, no uplatňuje sa aj pri testovaní liekov ovplyvňujúcich nervovú sústavu.
Prístroje a pomôcky na behaviorálne experimenty vhodne doplnili existujúcu škálu testov, ktorými sme schopní určiť motorický či kognitívny deficit u potkaních modelov neurodegenerácie. Testy "Passive" a "Active avoidance" umožňujú skúmať kognitívny deficit aj u zvierat so zhoršenou pohyblivosťou. Grip strength meter pomáha rozoznať zníženie svalovej sily predných končatín potkana už v skorých fázach motorických prejavov neurodegenerácie. Tento test možno využiť opakovane, pričom výsledky nie sú ohrozené stratou motivácie potkana (čo je limitáciou iných testov svalovej sily, napríklad "Prehensile traction testu"). Vyvýšené bludisko v tvare plus je špecifickým testom anxiety a exploračnej aktivity, ktoré ovplyvňujú správanie zvierat v iných testoch. Vyvýšené bludisko v tvare plus patrí k základom behaviorálnej charakterizácie potkanov. Výhrevná podložka, ktorá pomáha udržiavať stabilnú telesnú teplotu anestetizovaných potkanov pri operačných zákrokoch alebo odberoch, zvyšuje efektivitu týchto zákrokov a má pozitívny vplyv na prežívanie a zotavenie zvierat. Pri určovaní a porovnávaní motorických a kognitívnych schopností u potkaních modelov neurodegenerácie, pri in vivo testovaní nových liečiv na ochorenia nervového systému.
Súčasťou centra pre bunkové inžinierstvo je aj prístroj Typhoon, ktorý je k dispozícii zamestnancom všetkých pracovísk združených v projekte BITCET. Na ÚMFG sa prístroj využíval pri riešení APVV projektu- "Nadexpresia P-glykoproteínu a s ňou spojené zmeny v spektre a hladinách oligo- a polysacharidov" a viacerých VEGA projektov. Na ÚEO sa prístroj používal pri riešení 6.RP EÚ "Application oriented studies on regulatory networks involved in lipid homeostasis and atherosclerosis - SOUTH" a jedného VEGA projektu "Integrácia nukleárneho faktora NF-1 do signálnych dráh vedúcich k zastaveniu rastu bunky". Na ÚBGŽ sa Typhoon využíva pri riešení dvoch VEGA projektov "Transport a turnover fosfolipidov ako regulačné mechanizmy lipidového zloženia membrán u kvasinky Saccharomyces cerevisae" a "Antimykotiká ako nástroj pri štúdiu biogenézy membránových lipidov u kvasiniek". Okrem toho sa prístroj využíval aj pri riešení projektu VVCE "Biomembrány". Pracovníci FCHPT STU využívajli prístroj pri riešení projektu VEGA "Mechanizmy zabezpečujúce špecifickosť Ca2+ signálov v živočíšnych bunkách". Na prístroji merajú aj pracovníci niektorých ústavov SAV, ktorí nie sú členmi BICET. Použitie prístroja Typhoon výrazne znižuje spotrebu drahých chemikálií a vďaka jeho vysokej citlivosti pri detekcii rádioaktivity je možné sledovať napr. proteosyntézu aj v takých prípadoch, kde je klasická autorádiografia nepoužiteľná. Prístroj má doležitú úlohu aj pri výuke v rámci III. stupňa vysokoškolského vzdelávania.
Onkologický ústav úspešne využíva prístroj Bioplex array systém čo je analytická platforma, ktorá je dominantne využívaná pre riešenie úloh projektov výskumu a vývoja zameraných na multiplexnú analýzu cytokínových a chemokínových profilov v systémoch in vitro a in vivo. Hlavnou výhodou systému je schopnosť analyzovať vzorky vo formáte 96-jamkovej šablóny s minimálnymi požiadavkami na objem biologickej vzorky. Možnosť kvantitatívneho stanovenia až 32 rôznych cytokínov a chemokínov v jednej vzorke súčasne a automatické meranie až 84 vzoriek (12 pozícií v šablóne je pre kalibráciu) počas hodiny poskytuje výhody, ktoré nemožno dosiahnuť klasickým usporiadaním ELISA testov. Multiplexná analýza je jediný postup, ktorý znižuje ekonomickú náročnosť základného výskumu v oblasti kmeňových buniek, lebo umožňuje kvantitatívnu analýzu cytokínov a chemokínov z objemu vzorky menej ako 50 mL, a teda znižuje požiadavku na drahé kultivačné médiá. Na druhej strane, dovoľuje analyzovať biologické vzorky, kde je ich objem limitovaný - exudáty, likvor z tkanív, resp. vzorky od detských pacientov.
V Subcentre bunkového inžinierstva FChPT STU sa nachádzajú dva prístroje, a to zariadenie pre chromatografickú separáciu bielkovín Äkta, výrobok fy Amersham Pharmacia a univerzálny merač metabolických plynov Micro-Oxymax, výrobok fy Columbus Instruments. Tieto prístroje sú intenzívne využívané na výskumné i pedagogické účely pre potreby Oddelenia biochémie a Oddelenia výživy a hodnotenia potravín. Prístroje sa využívajú na purifikácie extracelulárnych proteáz indukovaných bielkovinovým induktorom vo vláknitých hubách a kvasinkách. Prístroj Micro-Oxymax je využívaný pri meraní produkcie vodíka a metánu, ako aj spotreby kyslíka a produkcie CO2 pri raste niektorých baktérií a anaeróbnych aj aeróbnych vláknitých húb a ich mutantov. Umožnil identifikovať viaceré doteraz neznáme anaeróbne huby s vysokou hydrolytickou aktivitou na celulózu a schopnosťou produkovať obmedzené množstvá vodíika.
Subcentrum pre prácu s rizikovými agens je sústredené hlavne v laboratóriu s úrovňou ochrany 3 (BSL-3) na Virologickom ústave SAV, umožnilo rozvinúť vedeckú činnosť v oblastiach v ktorých to doposiaľ nebolo možné, kvôli neustále sa sprísňujúcim legislatívnym požiadavkám na prácu s vysoko infekčným materiálom. Jedná sa hlavne o vedecké aktivity spojené s výskumom nebezpečných patogénov akými sú niektoré vírusu hlavne zo skupiny Arbovírusov a Ortomixovírusov. Za významný výsledok treba považovať, že na základe možnosti práce v laboratóriu BSL-3 sa Virologický ústav zapojil a stal súčasťou projektu 7. Rámcového programu EÚ pod názvom European virus archive (EVA). Cieľom tohto projektu je vyvinúť referenčnú vírusovú knižnicu na Európskej úrovni. V prvom roku riešenia sme sa zamerali na katalogizáciu existujúcej vírusovej zbierky a začali s charakterizáciou Slovenských izolátov vírusu kliešťovej encefalitídy a vírusu Sindbis, ktoré budú zaradené do vírusovej zbierky. Takisto sa VÚ SAV ako vedúce laboratórium pracovného balíka pre BSL 3 vírusy zameral na optimalizáciu procesov prípravy vírusových zásobných suspenzií a definovali bunkové línie, ktoré bude konzorcium používať v ďalšej fáze projektu. Výskum v oblasti ortomixovírusov sa sústredil hlavne na štúdium patologických vlastností vysoko virulentných vírusov chrípky na myšom modeli. Práca v BSL-3 laboratóriu pracovníkom VÚ SAV otvorila nové možnosti spolupráce aj v tak aktuálnej oblasti akou je chrípka.
Subcentrum zobrazovacích techník BITCET. Bioimaging centrum sa vybudovalo v rámci II. etapy riešenia projektu a jeho hlavnými prístrojmi sú: Konfokálny mikroskop LSM Zeiss 510 Meta nachádzajúci sa v priestoroch Virologického ústavu obsahuje vo svojej v konfigurácii 4 lasery (30 mW argónový laser, 50 mW 405-450 diódový laser, 1.2 mW 543 hélium neónový laser a 5 mW 633 hélium neónový laser), motorizovanú plošinu mikroskopu, objektívy so zväčšeniami 10x, 20x a imerzné 40x, 63x a 100x a 3 fotonásobiče na detekciu odrazeného svetla, z ktorých je jeden metafotonásobič. Na ovládanie mikroskopu sa využíva softvér LSM 510, verzia 4.0 SP2. Mikroskop bol uvedený do užívania 15-16. decembra v roku 2006. Do dnešného dátumu bol využívaný predovšetkým zamestnancami Virologického ústavu, Ústavu experimentálnej endokrinológie, PriF UK, Ústavu molekulárnej fyziológie a genetiky, ďalej zamestnancami Ústavu experimentálnej onkológie, Zoologického ústavu, Ústavu molekulárnej biológie, Ústavu pre výskum srdca a Ústavu biológie a genetiky živočíchov SAV ako aj Lekárskou fakultou UK. Mikroskop sa využíva predovšetkým na štúdium lokalizácie a kolokalizácie proteínov v bunkových kultúrach a v celých organizmoch vizualizovaných pomocou fluorescenčne značených protilátok. Vlastnú fluorescenciu resp. imunofluorescenciu možno využiť aj na 3D rekonštrukciu bunkových alebo tkanivových štruktúr. Možnosť snímania optických rezov preparátu (z-stack) dovoľuje určovanie lokalizácie proteínov v rámci bunky. Táto funkcia konfokálneho mikroskopu sa využila aj pri skúmaní lokalizácie fluorescenčne značených onkomarkerov v bunkách stimulovaných do migrácie a pri určovaní ich kolokalizácie s membránovými transportérmi.
Ďalším mikroskopom zakúpeným z prostriedkov BITCET je plne automatický epifluorescenčný mikroskop LEICA DM 6000B. Konfigurácia tohto mikroskopu obsahuje motorizovanú plošinu, objektívy so zväčšeniami 10x, 20x, 40x, 63x a 100x a 2 CCD kamery (DFC 320 - farebná CCD kamera, DFC 350FX - monochromatická CCD kamera určená na snímanie fluorescencie). Na jeho ovládanie sa využívajú softvéry LAS a LASAF. Motorizovaná plošina tohto mikroskopu umožňuje užívateľom softvérovo ovládané snímanie celých preparátov po jednotlivých častiach, prípadne viacero miest záujmu súčasne. Mikroskop je v prevádzke od 19. decembra 2006. Od druhej polovice decembra roku 2006 je k dispozícii aj kryotóm Leica CM1850UV na prípravu preparátov vhodných na imunohistochemické značenie.
Konfokálny mikroskop OLYMPUS FLUOVIEW FV 1000 (CLSM) sa na Botanickom ústave SAV využíva pri riešení problémov v oblasti bunkovej biológie. Konkrétne sa projekty zameriavajú na objasnenie procesov tvorby koreňových vláskov, efektivitu ich vrcholového rastu, úlohu kľúčových komponentov membránového transportu v koreňových bunkách ako sú endocytóza, recyklácia a fúzia membrán, aktínový cytoskelet a signálne dráhy. Pomocou CLSM sa získali údaje o distribúcii a pohyblivosti endozomálnych kompartmentov a o dynamickej endocytóze cytoplazmatickej membrány prebiehajúcej vo vrchole rastúcich koreňových vláskov. Prístroj využívame na identifikovanie mikrodomény cytoplazmatickej membrány bohatej na štruktúrne steroly, ktoré sú polárne distribuované v rastúcom vrchole vlásku a ktoré sa podieľajú na regulácii zakladania a udržiavania polarity nevyhnutnej k aktívnemu vrcholovému rastu. CLSM sa využíva aj pri stanovovaní rastových odpovedí koreňov a koreňových vláskov živých rastlín na stresové podmienky (ťažké kovy, osmotický stres). Používa sa tiež na sledovanie príjmu a distribúcie Zn v bunkách klíčnych rastlín druhov rodu Arabidopsis. Práca s konfokálnym mikroskopom OLYMPUS FLUOVIEW FV 1000 bola nevyhnutná a naďalej sa využíva na riešenie úloh viacerých projektov. Dosiahnuté výsledky sa publikujú vo vedeckých časopisoch a zborníkoch a sú prednášané na vedeckých podujatiach. Konfokálna mikroskopia je významným prvkom pracovných prístupov, ktorý dovoľuje rozvoj účinnej viacstrannej medzinárodnej spolupráce, čoho dôkazom sú početné vedecké články publikované so zahraničnými partnermi. Možnosť využívať konfokálny mikroskop OLYMPUS FLUOVIEW FV 1000 (CLSM) na Botanickom ústave SAV poskytujeme aj pracovníkom a študentom Prírodovedeckej fakulty UK. Každoročne sa tiež demonštruje študentom na cvičeniach z optických metód v biológii.
Subcentrum fermentácií BITCET. Z projektu BITCET boli zakúpené a dodané na Katedru molekulárnej biológie PriF UK fermentory Sartorius BIOSTAT B PLUS a BIOSTAT C PLUS. Hlavným objektom fermentácií boli rekombinantné kmene Escherichia coli. Zamerali sme sa na kultiváciu a fermentáciu kmeňov, ktoré nadprodukovali malé peptidy vo fúzii s rôznymi proteínmi. Výsledky z týchto experimentov boli nad očakávanie úspešné a budú použité na zhodnotenie formou rôznych odborných výstupov, vrátane publikácií. V porovnaní so štandardnými experimentmi v baničkách sme získali takmer 10 x vyššiu produkciu. Ďalšími objektmi nadprodukcie boli niektoré vybrané rekombinantné proteíny - enzýmy, u ktorých sme získali opäť sľubné výsledky ohľadom ich produkcie. U týchto enzýmov sme tiež stanovovali ich biologickú aktivitu, a budú ďalej použité v projektoch na pracovisku.
Z projektu BITCET bola zakúpená a dodaná na Katedru molekulárnej biológie PriF UK aparatúra s kapilárnou elektroforézou EXPERION firmy BioRad. Hlavným objektom využitia tohto zariadenia boli rýchle analýzy expresie proteínov z vyššie uvedených fermentácií rekombinantných E. coli kmeňov. Dôležitými faktormi, ktoré zvýrazňujú výhody tohto zariadenia, bola rýchlosť analýzy, jej reprodukovateľnosť, ako aj kvantitatívne vyhodnotenie nadprodukcie proteínov pomocou softvéru, ktorý riadi toto zariadenie. Ďalšími makromolekulami, ktoré sa môžu analyzovať týmto zariadením, sú nukleové kyseliny (DNA aj RNA, v závislosti od toho sa využívajú 2 typy elektroforetických čipov). Uskutočnili sa viaceré analýzy izolovaných RNA vzoriek aj z ďalších pracovísk združenia BITCET.
Pre laboratóriá anaeróbnych kultivácií boli zaobstarané prístroje Bioreaktor Applikon Bio Bundle 3L - reaktor sa využíval na kultiváciu mikroorganizmov v presne definovaných podmienkach (teplota, tlak, pH média, stupeň miešania). Prístroj bol na pracovisku upravený na kultiváciu v striktne anaeróbnych podmienkach a využívali ho pracovníci dvoch laboratórií v rámci ÚBGŽ SAV: Laboratória bioenergetiky a Laboratória biogenézy membrán. Druhý prístroj je CoronaTM Charged Aerosol Detector (univerzálny detektor napojený na HPLC prístroj Agilent 1100) - detektor sa využíval na separáciu a kvantifikáciu sterolov a ich prekurzorov v biologických vzorkách. Okrem pracovníkov ÚBGŽ SAV (Laboratória bioenergetiky a Laboratória biogenézy membrán) ho využívali v rámci spoluprác na spoločných projektoch aj pracovníci FChPT STU, Prírodovedeckej fakulty UK a ÚEE SAV. Oba prístroje boli využívané na experimentálnu prácu v rámci riešenia projektov uvedených nižšie, ako aj na výuku študentov a doktorandov.