Profil > História a rozvoj
Roky 2003 – 2005, I. etapa projektu
Ťažiskom I. etapy bolo zabezpečenie nevyhnutného prístrojového vybavenia pre rozvoj súčasných trendov biotechnológii, ktorými sú genomika, proteomika, bunkové inžinierstvo a bioinformatika.
Rok 2003
Uskutočnilo sa podpísanie zmlúv o založení združenia BITCET. Boli nakúpené prvé prístroje a zavedené servisné služby na určovanie primárnej štruktúry DNA a kvantifikáciu expresie jednotlivých génov.
- Centrum genomiky získalo 4-kapilárový DNA sekvenátor ABI3100-Avant a Real Time PCR systém ABI PRISM 7900 HT na meranie génovej expresie.
- Pre rozvoj proteomiky boli zabezpečené zariadenia na separáciu proteínov pomocou dvojrozmernej elektroforézy, vrátane softwaru na 2D analýzu gélov ako aj prístroj BIACORE na štúdium biomolekulových interakcií metódou povrchovej plazmónovej rezonancie.
Rok 2004
Riešiteľský kolektív sa zameral hlavne na podporu a dobudovanie prístrojového vybavenia určeného pre proteomiku a začalo sa zariaďovanie centra pre bunkové inžinierstvo.
- Zakúpil sa kľúčový prístroj potrebný k rozvoju proteomiky, hmotnostný spektrometer s elektrosprej ionizáciou. Tento prístroj umožňuje určiť primárnu štruktúru rôznych biomakromolekúl, hlavne však proteínov, lipidov, cukrov a takisto aj ich rôzne modifikácie, prevažne post translačné. Neoddeliteľnou súčasťou tohto zariadenia je aj nano lock sprejer a ultra vysoko účinná kvapalinová chromatografia.
- V rámci podpory bunkového inžinierstva sa obstaral prístroj Typhoon, vysoko účinné snímacie zariadenie, ktoré umožňuje skenovať rádioaktívne, fluorescenčné a chemiluminiscenčné signály z elektroforetických gélov, blotov, mikrotitračných platničiek, tenkovrstvovej chromatografie, macro- a micro-arrayov.
Rok 2005
Aktivity v tomto roku smerovali k rozvoju všetkých vedných zameraní projektu. Dobudovalo sa genomické centrum orientované hlavne na určovanie primárnej štruktúry DNA a stanovovanie expresie jednotlivých génov a podarilo sa zaviesť aj techniku microarray. Pretože požiadavky na DNA analýzy významne prevýšili očakávaný rozsah, bolo nutné posilniť túto činnosť zariadením na automatickú purifikáciu nukleových kyselín, čím sa dosiahlo zvýšenie efektívnosti a zníženie cien poskytovaných služieb. V oblasti proteomiky bola zahájená servisná služba spočívajúca v stanovení primárnej štruktúry proteínov. V rámci bunkového inžinierstva sa začali realizovať chromatografické analýzy sekundárnych metabolitov a anaeróbne kultivácie mikroorganizmov. Pre bioinformatiku bola vybudovaná účebňa so serverom a príslušným softvérovým vybavením, ktorá slúži všetkým pracovníkom združenia.
- Pre genomiku boli zakúpené:
- 16 kapilárový genetický analyzátor s automatickým plnením polyméru ABI 3130xl,
- gradientový 5 kanálový Real Time PCR iCycler iQ5, ktorý slúži na monitorovanie a kvantitatívne vyhodnotenie PCR reakcie v reálnom čase,
- automatické pipetovacie systémy epMotion 5070, epMotion 5075 VAC, centrifúga eppendorf Centrifuge 5804R, ktoré umožnili automatickú purifikáciu nukleových kyselín.
- 16 kapilárový genetický analyzátor s automatickým plnením polyméru ABI 3130xl,
- Do subcentier bunkového inžinierstva boli zakúpené:
- vysokoúčinný automatizovaný kvapalinový chromatografický systém Äkta FPLC, používaný na rýchlu purifikáciu a analýzu bielkovín,
- procesorom riadený reaktor Applikon bio bundle na anaerobné kultivácie,
- prístroj Bio-Plex na multiplexnú analýzu proteínov a nukleových kyselín použitím farebne značených mikročastíc s možnosťou stanovenia do 100 biomolekúl v jednej vzorke.
- vysokoúčinný automatizovaný kvapalinový chromatografický systém Äkta FPLC, používaný na rýchlu purifikáciu a analýzu bielkovín,
- Do bioinformatickej učebne bol dodaný potrebný hardwér s operačnými systémami a komplexné bioinformatické softvérové balíky (BioNumerics, SeqScape, Lab Share Vector), ktoré slúžia na spracovanie a archiváciu dát pre potreby fingerprintovej analýzy, fragmentovej analýzy, sekvenačnej typizácie, 2D analýzy gélov, klusterovej analýzy a microarray analýz.
Roky 2006 – 2010, II. etapa projektu
Realizácia II. etapy štátneho programu výskumu a vývoja je zameraná na:
- Zlepšovanie už existujúcej infraštruktúry pre genomiku, proteomiku a bioinformatiku s cieľom umožniť širšie využitie prístrojovej základne pre vedeckú komunitu a to nielen v základnom a aplikovanom výskume, ale aj v tak potrebnom translačnom výskume.
- Na centre genomiky je cieľom zabezpečiť väčšiu efektívnosť poskytovaných služieb v kvalite rýchlosti a ekonomizácii, dokúpenie ďalších prístrojov na stanovenie primárnej štruktúry génov rôznorodých organizmov, prístrojov na meranie kvalitatívnej a kvantitatívnej expresie génov, rozvoj metód DNA technológií.
- Pre ďalší rozvoj proteomiky je nutné dobudovávať už vzniknuté laboratórium v areáli SAV na Patrónke zabezpečením ďalších kompatibilných prístrojov nielen na báze elektrosprej ale aj MALDI-TOF. Personálne obsadenie proteomického laboratória sa bude zabezpečovať systémom otvoreného laboratória, ktoré umožní pracovať na prístrojoch pracoviskám združenia VŠ, SAV a rezortných ústavov.
- S vývojom genomiky a proteomiky je samozrejme nutné a potrebné zlepšovať aj bioinformatiku v týchto oblastiach. Činnosť bioinformatiky bude orientovaná hlavne na získanie výkonnejších serverov s príslušným softvérovým vybavením slúžiacim pre všetky pracoviská združenia BITCET.
- Na centre genomiky je cieľom zabezpečiť väčšiu efektívnosť poskytovaných služieb v kvalite rýchlosti a ekonomizácii, dokúpenie ďalších prístrojov na stanovenie primárnej štruktúry génov rôznorodých organizmov, prístrojov na meranie kvalitatívnej a kvantitatívnej expresie génov, rozvoj metód DNA technológií.
- Založenie a vybudovanie nových centier
- Jednou z požiadaviek moderného bunkového inžinierstva, biomedicínskeho a biotechnologického výskumu vôbec je prístup k špičkovým zobrazovacím technikám, ktoré využívajú hlavne finančne náročnú elektrónovú mikroskopiu, konfokálne mikroskopy fluorescenčné a svetelné mikroskopy so sofistikovaným softvérom na spracovanie a analýzu obrazu. Preto jedným z cieľov v II. etape je vybudovanie Bioimaging centra, ktoré je samozrejmosťou vo vyspelých krajinách.
- Vzhľadom na výrazné pokroky v modernom biomedicínskom výskume a biotechnológiach ako takých vzniká potreba vybudovať aj infraštruktúru pre náročné experimenty na zvieracích modeloch. V tejto oblasti sa neustále zvyšujú nároky na kvalitu laboratórií a zverincov využívajúcich transgénne zvieratá, prácu s geneticky modifikovanými organizmami (GMO) a vysoko infekčnými agens. Preto ďalším cieľom II. etapy riešenia projektu BITCET je vybudovanie tzv. P2 a P3 laboratória a zverincov, ktoré umožnia bezpečnú realizáciu experimentov na zvieratách a geneticky modifikovaných organizmoch.
- Jednou z požiadaviek moderného bunkového inžinierstva, biomedicínskeho a biotechnologického výskumu vôbec je prístup k špičkovým zobrazovacím technikám, ktoré využívajú hlavne finančne náročnú elektrónovú mikroskopiu, konfokálne mikroskopy fluorescenčné a svetelné mikroskopy so sofistikovaným softvérom na spracovanie a analýzu obrazu. Preto jedným z cieľov v II. etape je vybudovanie Bioimaging centra, ktoré je samozrejmosťou vo vyspelých krajinách.
- Aktuálny stav
- Na prevádzkovanie špičkovej prístrojovej techniky boli na vybraných pracoviskách členov združenia vytvorené subcentrá, zoskupené do centier podľa nosných smerov projektu. Jednotlivé subcentrá majú pomerne vysoký stupeň autonómie. Starajú sa o prevádzku nimi spravovaných prístrojov podľa platných zmlúv o založení Biotechnologického centra SR - BITCET. Poskytujú služby ostatným členom združenia ako aj ďalším záujemcom, prípadne im umožňujú prístup k prístrojom. Prevádzkové náklady spojené so službami pre jednotlivých členov konzorcia sú spoplatňované sumou pokrývajúcou nevyhnutné náklady na požadované analýzy. Technika je umiestnená v už vybudovaných centrách genomiky - Prírodovedecká fakulta UK Bratislava a Univerzita veterinárneho lekárstva Košice, proteomiky Virologický ústav SAV a Prírodovedecká fakulta UK, bunkového inžinierstva - Fakulta Chemickej a potravinárskej technológie STU, Neuroimunologický ústav SAV, Ústav molekulárnej fyziológie a genetiky SAV, Ústav biochémie a genetiky živočíchov SAV a Ústav experimentálnej onkológie SAV a bioinformatiky - Prírodovedecká fakulta UK a UVL Košice. V roku 2006 boli existujúce subcentrá rozšírené o ďalšie subcentrum genomiky na Ústave experimentálnej endokrinológie SAV, subcentrá bioimagingu na Botanickom ústave SAV a Virologickom ústave SAV ako aj o laboratória na prácou s geneticky modifikovanými a vysoko infekčnými organizmami na Virologickom ústave SAV. Na PRIF UK bolo vytvorené laboratórium heterológnej expresie.
- Na prevádzkovanie špičkovej prístrojovej techniky boli na vybraných pracoviskách členov združenia vytvorené subcentrá, zoskupené do centier podľa nosných smerov projektu. Jednotlivé subcentrá majú pomerne vysoký stupeň autonómie. Starajú sa o prevádzku nimi spravovaných prístrojov podľa platných zmlúv o založení Biotechnologického centra SR - BITCET. Poskytujú služby ostatným členom združenia ako aj ďalším záujemcom, prípadne im umožňujú prístup k prístrojom. Prevádzkové náklady spojené so službami pre jednotlivých členov konzorcia sú spoplatňované sumou pokrývajúcou nevyhnutné náklady na požadované analýzy. Technika je umiestnená v už vybudovaných centrách genomiky - Prírodovedecká fakulta UK Bratislava a Univerzita veterinárneho lekárstva Košice, proteomiky Virologický ústav SAV a Prírodovedecká fakulta UK, bunkového inžinierstva - Fakulta Chemickej a potravinárskej technológie STU, Neuroimunologický ústav SAV, Ústav molekulárnej fyziológie a genetiky SAV, Ústav biochémie a genetiky živočíchov SAV a Ústav experimentálnej onkológie SAV a bioinformatiky - Prírodovedecká fakulta UK a UVL Košice. V roku 2006 boli existujúce subcentrá rozšírené o ďalšie subcentrum genomiky na Ústave experimentálnej endokrinológie SAV, subcentrá bioimagingu na Botanickom ústave SAV a Virologickom ústave SAV ako aj o laboratória na prácou s geneticky modifikovanými a vysoko infekčnými organizmami na Virologickom ústave SAV. Na PRIF UK bolo vytvorené laboratórium heterológnej expresie.