Genomika > PRIF UK > Prístroje

Centrum

Genomika

Lokalizácia

Prírodovedecá fakulta UK, Katedra molekulárnej biológie, B-2

Názov prístroja/Softwaru

Genetický analyzátor typ ABI PRISM 3130xl

Charakteristika prístroja /softwaru

16 kapilárový genetický analyzátor je určený pre laboratória s „ low-to-medium throughput“. Systém bude schopný v plne automatizovanej 24-hodinovej prevádzke poskytnúť 230 400 bp  sekvencií (rapid sequencing protocol), 13 170 genotypov (fragmentačná analýza) alebo 13 840 genotypov (Multiplex SNaPShot kit). Tento vysoký výkon je dosiahnutý spojením 16 kapilár so zdokonaleným optickým systémom, zdokonolaným systémom plnenenia kapilár polymérom a zdokonaleným vyhrievaním detekčnej komôrky, novým autosamplerom (kompatibilný s  96- alebo 384-jamkovými mikroplatničkami). Automatické nanášanie vzoriek umožňuje nepretržitú 24 hodinovú prevádzku.

Technická špecifikácia

Charakteristika:

• 16 kapilár
• Automatické plnenie polyméru pomocou Automated Polymer Delivery System – bez použitia striekačiek, systémom priameho pripojenia nádoby s polymérom – jednoduchšia manipulácia
• Vyhrievanie detekčnej komôrky – minimalizuje efekt kolísania okolitej teploty na kvalitu výsledkov, zdokonaľuje migračnú uniformitu fragmentov v kapilárach a tým uniformitu behov. Zvyšuje rezolúciu signálu, dlhšie sekvencie a umožňuje skrátenie času pre jednotlivé behy.
• ABI PRISM polyméry: univerzálny POP-7 pre sekvenovanie aj fragmentačnú analýzu a nový CAP polymér pre „ non-denaturating“ aplikácie. Systém je kompatibilný s POP-4 a POP-6 polymérmi a umožňuje všetky aplikácie vyvinuté pre systémy ABI PRISM 310, ABI PRISM 3100-AVANT a ABI PRISM 3100
• „5 dye“ technológia pre SNaPShot Multiplex, Identifiler a Y-filer kity
  
  

Komponenty

• Kapilárna elektroforetická jednotka so 16 kapilárami
• Počítač kontrolujúci získavanie dát a ich vyhodnocovanie
• Windows XP a 3130/3130xl Data Collection v3.0
• Sequence Analysis Software  v5.2 pre sekvenovanie, SeqScape v2.5 pre analýzu sekvencií
• GeneMapper v3.7 Analysis Software pre fragmentačnú analýzu s modulmi na LOH a AFLP analýzu.
  
  

Kapiláry

• 3 typy v závislosti od analýzy – „internally uncoated“
• Dĺžka:  22 cm, 36 cm, 50 cm, 80 cm
• Kapiláry sú konštruované na najmenej 100 analýz
• Kompatibilné so štandardnými 96- and 384-jamkovými mikroplatničkami.

Kontaktná osoba

Mgr. Gabriel Minarik, PhD.

Doplňujúce informácie

Centrum

Genomika

Lokalizácia

Prírodovedecá fakulta UK, Katedra molekulárnej biológie, B-2

Názov prístroja/Softwaru

Automatické pipetovacie zariadenie epMotion 5075 VAC

Charakteristika prístroja /softwaru

Automatický pipetovací prístroj nahradzujúci do veľkej miery manuálne pipetovanie najmä štandardných a rutinných aplikácií v laboratóriu s konštantne vysokou mierou presnosti pipetovania. Uzavretá pracovná plocha umožňuje udržiavať systém bez kontaminácie. V prístroji je zabudovaná jedna temperovateľná pozícia na aplikácie vyžadujúce inkubáciu resp. chladenie vzoriek pri konštantnej užívateľom zadanej teplote a vákuová jednotka s využitím pri automatizácii najmä izolačných a purifikačných protokoloch.

Technická špecifikácia

Charakteristika:

• Nezávislé ovládanie prostredníctvom pripojeného ovládacieho panelu
• Automaticky vymeniteľné pipetovacie nástroje
• Práca v rozmedzí 1- až 384-jamkového formátu
• Rozpätie pipetovaných objemov 1 μl – 1000 μl
• Pipetovanie 1- a 8- kanálovými pipetovacími nástrojmi
• Bezkontaminačné pipetovanie roztokov
• Pipetovacie špičky s filtrom aj bez filtra
• Zabudovaný optický senzor umožňujúci rozpoznávanie správneho rozloženia, obsahu a objemu všetkých komponentov na pracovnej ploche
• Ready-to-go metódy preddefinované v súbore protokolov
• Integrovaná nastaviteľná vákuová stanica
• Možnosť prenosu jednotlivých komponentov vrámci pracovnej plochy pomocou robotizovaného ramena
  
  

Aplikácie

• Transfer reagencií
• Transfer vzoriek
• Príprava sériových riedení
• Spájanie vzoriek, výmena médií
• Reformátovanie vzoriek: napr. 4 x 24 do 96-jamkového formátu
• príprava vzoriek pre PCR, qPCR
• protokol na izoláciu genomickej DNA v 96-jamkovom formáte
• protokol na izoláciu plazmidovej DNA v 96-jamkovom formáte
• protokol na izoláciu BAC-DNA v 96-jamkovom formáte
• protokol na izoláciu RNA v 96-jamkovom formáte
• protokol na purifikáciu PCR a sekvenačných produktov v 96-jamkovom formáte
  
  

Doplnkové príslušenstvo

• Výškové adaptéry (55, 85 mm)
• Dva typy vákuovych držiakov
• Transportné rameno umožňujúce prenos komponentov vrámci pracovnej plochy uzavretého systému
• Adaptér na umiestnenie 1,5/2ml eppendorfiek
• Adaptér na umiestnenie neskirtovaných 96-jamkových platničiek

Kontaktná osoba

Mgr. Gabriel Minarik, PhD.

Doplňujúce informácie

Centrum

Genomika

Lokalizácia

Prírodovedecá fakulta UK, Katedra molekulárnej biológie, B-2

Názov prístroja/Softwaru

Stolová centrifuga eppendorf 5804R

Charakteristika prístroja /softwaru

Stolová chladená centrifuga umožňujúca prácu vo formátoch 1,5 ml,  2 ml skúmavky a 96-jamkové platničky.

Technická špecifikácia

Charakteristika:

• Nastavenie otáčok a RCF v rozmedzí od 200 rpm do maximálnych otáčok rotora po krokoch 10 rpm
• Teplotné rozpätie  -9 až +40 °C
• Stand-by chladenie centrifugačnej komory
• Hodnoty môžu byť upravované počas priebehu centrifugácie
• Možnosť uloženia 34 programov
• Short-spin tlačidlo s nastaviteľnou rýchlosťou točenia
• Funkcia rýchleho vychladenia centrifugačnej komory
• Nastavenie odpočítavania nastaveného času od začiatku centrifugácia alebo až od dosiahnutia zadaných otáčok
• 10 stupňov zrýchlenia a 10 stupňov brzdenia rotora

Rotory

• Rotor na centrifugáciu 1,5/2 ml eppendorfiek s fixným uhlom, 30 pozícií, maximálne otáčky – 14 000 rpm
• Výkyvný rotor na centrifugáciu 96-jamkových platničiek, dve pozície na umiestnenie platničiek, maximálne otáčky – 3700 rpm.

Kontaktná osoba

Mgr. Gabriel Minarik, PhD.

Doplňujúce informácie

Centrum

Genomika

Lokalizácia

Prírodovedecá fakulta UK, Katedra molekulárnej biológie, B-I

Názov prístroja/Softwaru

ABI PRISM 7900 HT Real Time PCR systém

Charakteristika prístroja /softwaru

ABI PRISM 7900 HT je high throughput Real Time PCR systém, ktorý detekuje a kvantifikuje špecifické úseky nukleových kyselín. Základnými aplikáciami, na ktoré je možné tento prístroj využiť je expresná analýza a kvantitatívna detekcia špecifických DNA úsekov vrátane detekcie SNP polymorfizmov.

Technická špecifikácia

Charakteristika:

ABI PRISM 7900 HT Real Time PCR cyklér

Komponenty

• Termocyklér: Peltierov blok na 96-jamkové PCR platničky 20-100 μl reakčnej zmesi, rozsah teplôt 4-100 ˚C, ramping 1,6˚C /s
• Optický systém: na excitáciu je použitý argonový laser s vlnovou dĺžkou 488 nm, excitačné svetlo je rozdelené do jednotlivých vzoriek pomocou skenovacej hlavy, detekcia fluorescenčného signálu je sprostredkovaná cez spektrograf a CCD kameru
• Kalibrované farbivá: SYBR® Green Dye I, FAM™, VIC™, JOE™, NED™, ROX™, TAMRA™, TET™
• Meranie dát: prístroj meria celé fluorescenčné spektum pre každú vzorku a čas, čo umožňuje zmeniť nastavenie meraných farbív po skončení analýzy
• Software: SDS 2.1 umožňuje merať absolútnu kvantifikáciu, relatívnu kvantifikáciu, alelickú diskrimináciu a krivku topenia

Kontaktná osoba

RNDr. Hana Drahovská, PhD.

Doplňujúce informácie