Bioinformatika > PRIF UK > Software

Centrum

Bioinformatika

Lokalizácia

Prírodovedecká fakulta UK, Katedra molekulárnej biológie, B-I

Názov prístroja/Softwaru

BioNumerics

Charakteristika prístroja /softwaru

Balík BioNumerics od Applied Maths (Sint-Martens-Latem, Belgicko) predstavuje komplexne riešenie pre ukladanie, správu, analýzu a interpretáciu experimentálnych dát prakticky všetkých molekulárno-biologických metodík.

Technická špecifikácia

• Základom balíka BioNumerics je výkonný relačný databázový systém, ktorého logickou jednotkou je organizmus (kmeň, individuum). Zároveň ale systém ponúka ľubovoľnú úpravu vstupných polí. Súčasťou databázového systému je pokročilý vyhľadávací nástroj užitočný pri práci s veľkým množstvom databázových záznamov a veľkom počte rôznych analýz.
• Vstupnými dátami pre analýzy možu byť niekoľkých typov:
•  typu fingerprint – v podobe denzitometrických záznamov v podobe elektroforéznych profilov prúžkov alebo píkov (elektroforézne gély, HPLC profily, PFGE experimenty), denzitometrické záznamy môžu byť získané aj pracovaním snímkov z daných experimentov
•  typu charakterovej sady – kde každá dátová jednotka má presne definované prislúchajúce meno (napr. microarray dáta, fenotypové testy)
• sekvenčného typu – kde vstupom sú sekvencie či už nukleových kyselín, alebo proteínov
•  typu 2D gélov – vstupom sú snímky 2D gélových alebo 2D chromatografických experimentov
•  typu trendových dát – záznamy experimentov sledujúcich trend stavu, funkcie alebo parametru (napr. enzýmovú aktivitu, real-time PCR)
• Balík obsahuje veľmi pokročilé nástroje na spracovanie vstupných dát. Špeciálne prepracovaný je systém spracovanie snímkov gélových elektroforéz (identifikácia dráh, prúžkov, normalizácia gélov pomocou referenčného systému, pri použití veľkostných štandardov možnosť sizingu). Nástroj Assembler umožňuje spracovanie sekvenačných záznamov pri práci so sekvenčným typom dát.
• Balík ponuká niekoľko možností analýzy dát:
• klastrové analýzy – ktorých výsledkom je rozdelenie dát do podoby hierarchickej stromovej štruktúry, či už na základe konkrétnych fylogenetických kritérií alebo similaritných či distančných matíc
• dimenzionačné vyhodnotenia – umiestňovanie výsledkov do definovaných dvoj alebo viacrozmerných sústav, kde nemožno dáta interpretovať pomocou hierarchických stromov (Principal component analysis a iné)
•  identifikácia pomocou knižníc – možnosť identifikácie neznámych organizmov (vzoriek) na základe hodnotenia podobnosti získaných experimentálnych dát oproti definovanej knižnici.
• Tento nástroj umožňuje kombinované vyhodnotenie viacerých experimentov a ponúka širokú škálu metód na hodnotenie štatistických parametrov pre jednotlivé techniky.

Kontaktná osoba

Mgr. Tomáš Szemes

Doplňujúce informácie

BioNumerics manual.pdf (na požiadanie)

Centrum

Bioinformatika

Lokalizácia

Prírodovedecká fakulta UK, Katedra molekulárnej biológie, B-I

Názov prístroja/Softwaru

SeqScape v2.5

Charakteristika prístroja /softwaru

Software SeqScape 2.5 je nástroj na pokročilé spracovanie výsledkov sekvenačných analýz v podobe individualizovaných samostatných projektov. Primárnym cieľom analýzy pomocou SeqScape softwaru sú resekvenačné experimenty s rôznymi cieľmi.

Technická špecifikácia

• Vstupné dáta predstavujú sekvenačné záznamy genetických analyzátorov firmy Applied Biosystems, vrátane posledného modelu 3130xl na ktorom sa uskutočňuje služba Sekvenovanie
• Aplikácie:
• Identifikácia a validácia SNP polymorfizmov
• Mutačná analýza a identifikácia heterozygotov
• Potvrdzovanie želaných variantov pri mutagenéze alebo klonovacích experimentoch.
• Identifikácia genotypu, aliel a haplotypu podľa definovaných knižníc.
• Využívanie komerčného VariantSEQr systému firmy Applied BIosystems.
• Základný model fungovania:
• Pri analýze sa vytvárajú individuálne projekty.
• Základom každého projektu je referenčná sekvencia. Pri genotypizačno-identifikačných projektoch je možné vytvoriť knižnicu definovaných variantov.
• Pri komplexných referenčných systémoch je možné definovať zúžené oblasti záujmu.
• S referenciou sa porovnávajú analyzované jednotky, ktoré v prípade môžu predstavovať konsenzus konštrukt niekoľkých sekvenačných záznamov.
• Softvér následne vyhodnotí odlišnosti, alebo porovná s knižnicou.
• Softvér ponúka viacero rozličných formátov správ ako výsledok analýzy podľa individuálnych typov aplikácií.
• Softvér umožňuje automatizovaný zber dát do vytvorených projektov už od fázy sekvenačnej analýzy vzoriek.

Kontaktná osoba

Mgr. Tomáš Szemes

Doplňujúce informácie

Seqscape manual.pdf (na požiadanie)