Bioinformatika > PRIF UK > Služby

Centrum

Bioinformatika

Lokalizácia

Prírodovedecá fakulta UK, Katedra molekulárnej biológie, B-I

Názov analýzy/služby

Softwarové spracovanie dát pomocou programu BioNumerics

Popis analýzy/služby

Vytvorenie, vedenie a komplexné spracovanie dát rôznych experimentálnych techník (vrátane microarray, snímkov 1D gélov, snímkov 2D gélov, sekvencií DNA aj proteínov, HPLC) v databázovej štruktúre programu BioNumerics.

Technické požiadavky pre analýzu

Software je univerzálny v schopnosti importu obrovského množstva rôznych experimentálnych dát. Obsahuje veľmi pokročilé nástroje pre prácu so snímkami 1D gélov, predpokladom je však vhodný dizajn gélového experimentu. Pri práci so snímkami 1D gélov je primárnym formátom pre spracovanie graficky format TIFF. Pri analýze snímok 1D gélov je jedným z krokov normalizácia, ktorú vykonáva za pomoci definovanej identickej vzorky v rôznych pozíciách gélu. Pri dizajne experimentu je teda potrebné normalizačnú vzorku použiť. Pri potrebe určiť veľkosti prúžkov je potrebné použiť aj definované veľkostné štandardy.    

Spôsob zadania analýzy

Na základe dohody prostredníctvom elektronickej pošty s kontaktnou osobou.

Spôsob odovzdania výsledkov

Elektronicky na zadanú mailovú adresu, po dohode vytvorenie prístupu priamo k softwaru.

Použitý software

Applied Maths BioNumerics

Doba vybavenia objednávky

Podľa konkrétneho zadania.

Cena analýzy/služby pre člena BITCETu

Výrazná univerzálnosť nástroja, značná škála aplikácií ako aj veľká náročnosť na obsluhu predpokladá individuálnu dohodu pre konkrétny prípad, napr. aj v podobe spoluautorstva pri publikačnej činnosti.

Cena analýzy/služby pre nečlena BITCETu

Výrazná univerzálnosť nástroja, značná škála aplikácií ako aj veľká náročnosť na obsluhu predpokladá individuálnu dohodu pre konkrétny prípad, napr. aj v podobe spoluautorstva pri publikačnej činnosti.

Kontaktná osoba

Mgr. T. Szemes

Doplňujúce informácie

Bionumerics manual.pdf

Objednávkový formulár

Nie

Centrum

Bioinformatika

Lokalizácia

Prírodovedecá fakulta UK, Katedra molekulárnej biológie, B-I

Názov analýzy/služby

Softwarové spracovanie dát získaných pri sekvenačnej analýze

Popis analýzy/služby

Pokročile spracovanie dát pri sekvenačnej analýze formou vytvorenia a vedenia samostatného projektu programu SeqScape v 2.5.

Technické požiadavky pre analýzu

Pre zavedenie projektu softwaru SeqScape v2.5 je potrebné určiť si referenčnú molekulu, či už v podobe referenčnej sekvencie získanej z medzinárodných nukleotidových databánk alebo je potrebné určiť nejaký sekvenačný záznam ako referenčný. Ďalej je potrebné definovať pre referenčnú sekvenciu oblasť (-i) záujmu., napr. pri potrebe sledovania konkrétnej mutácie v konkrétnom géne sa rozumie oblasťou záujmu miesto, kde sa konkrétna mutácia vyskytuje.

Vstupnými dátami pri spracovaní pomocou nástroja Scape v2.5 sú sekvenačné záznamy genetických analyzátorov Applied Biosystems. Z tohto dôvodu možno predpokladať, že tieto záznamy budú a priori získane sekvenačnou analýzou na nášom pracovisku ako súčasť služby Sekvenovanie. Keďže kvalitné sekvenačné záznamy sú významnými faktormi úspešného vyhodnocovania výsledkov v projektoch SeqScape v2.5, je potrebné držať sa technických požiadaviek platných pre službu Sekvenovanie. 

Spôsob zadania analýzy

Po dohode s pracovníkom prostredníctvom elektronickej pošty

Spôsob odovzdania výsledkov

Elektronicky na zadanú mailovú adresu, po dohode vytvorenie prístupu priamo k ovládaciemu softwaru

Použitý software

Applied Biosystems SeqScape v2.5

Doba vybavenia objednávky

Variabilná podľa konkrétneho zadania

Cena analýzy/služby pre člena BITCETu

Vzhľadom na nelineárny charakter služby, s tým spojené úkony, ako aj potrebu individualizácie pre každý projekt bude určenie finančnej alebo nefinančnej protihodnoty výsledkom dohody oboch strán.

Cena analýzy/služby pre nečlena BITCETu

Vzhľadom na nelineárny charakter služby, s tým spojené úkony, ako aj potrebu individualizácie pre každý projekt bude určenie finančnej alebo nefinančnej protihodnoty výsledkom dohody oboch strán.

Kontaktná osoba

Mgr. T. Szemes

Doplňujúce informácie

Vytvorené projekty majú formu databázy vďaka čomu umožňujú kontinuálne spracovanie s dodatočným vkladaním výsledkov aj v dlhšom časovom horizonte.

Objednávkový formulár

Nie